Der Konfirmandenunterricht beginnt mit dem 9. Schuljahr. Er umfasst neben dem wöchentlichen Unterricht ein mehrtägiges Lager und den Besuch von 15 Gottesdiensten. Er wird ausserhalb des Regelstundenplanes nach Absprache mit den Jugendlichen im Unterrichtszimmer des Pfarrhauses erteilt. Eine Anmeldung ist hierfür nötig.
Voraussetzung zur Teilnahme am Konfirmandenunterricht ist der Besuch des Religionsunterrichtes ab der 4. Klasse und der erwünschten Aktivitäten in Bezug auf Gottesdienstbesuche in unserer Gemeinde.
Die Konfirmation bildet den Abschluss des kirchlichen Unterrichts und ist zugleich die selbständige Wiederholung des von den Eltern einst gegebenen Taufversprechens. In Märstetten findet die Konfirmation jeweils am Auffahrtstag und bei Bedarf am Sonntag vorher statt (Ausnahmen werden rechtzeitig mitgeteilt). Sie wird von den Konfirmanden und Konfirmandinnen mitgestaltet.